11月1日 赵方庆:生物大数据挖掘的新技术和新方法


报告题目:生物大数据挖掘的新技术和新方法

报告人:赵方庆 中国科学院

主持人:石铁流 教授

报告时间:2019年11月1日13:30(周五下午)

报告地点:生命科学学院433会议室


报告人简介:

    赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位,研究方向为海洋微藻的进化基因组学,在此期间获“中国科学院院长特别奖”和“国家海洋科学技术奖一等奖”。2006年7月至2010年12月在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,从事计算生物学和基因组学研究工作。2011年被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员。现任中科院北京生科院科研部副主任、中科院北京生命科学大型仪器区域中心办公室主任、计算生物学联合研究中心秘书长、中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任。在Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary Biology、Medicine in Microecolgy和Hereditas等国际学术刊物担任副主编或编委。近年5来,先后主持国家自然科学基金6项(青年、面上、培育、重点和优青)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。近年来,围绕着“计算基因组学”研究方向,建立了一系列原创性的生物信息学算法和工具,并在环形非编码RNA和微生物组领域取得重要进展。在Nature Communications、Gut、Genome Biology、Trends in Genetics、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5000次(H-index 36),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。


报告内容:

    近年来测序技术、大数据技术和云计算技术的持续进步,极大促进了生物信息数据的积累,也为海量、异质、多噪的组学数据的解读带来了极大挑战。在微生物组领域,如何对缺乏参考序列的海量测序数据进行精准解析,如何深度挖掘微生物组及功能组学大数据,以及快速有效利用这些数据服务于基础研究和医学应用,这是所有微生物组学研究面临的关键难题。针对上述问题,我们建立了一系列微生物组结构解析及功能挖掘的新技术和新方法,它们分别针对微生物组分析中的拼接、编码基因重建和注释,以及微生物间相互作用等问题,为微生物组大数据的深入挖掘奠定了方法学基础。近年来, 环形RNA成为国际上非编码RNA研究领域的一个新热点。由于受计算方法及研究手段的限制,目前只发现少部分环形RNA且绝大多数功能未知。对环形RNA功能的探知,仍依赖于更多的组学数据及大量的实验验证。在此过程中,能否从海量的测序数据中高效识别环形RNA及其不同形式的转录本,成为后续功能验证及表达调控机制研究的重要前提。针对目前缺乏系统的环形RNA数据挖掘的关键技术,我们建立了环形RNA识别、转录本组